Au-delà du repérage de gisements et de dépôts métallifères, les travaux de la Commission géologique susciteront quelques débats intéressants en géologie et en paléontologie.La controverse la plus connue est sans nul doute celle entourant l'Eozoön Canadense, supposé « animal du commencement » découvert par un éminent membre de la commission : William Dawson. En attribuant par erreur une origine organique à des traces minérales complexes laissées dans des pierres du Précambrien, Dawson en vient à contester la thèse évolutionniste de Charles Darwin. Il se retrouve ainsi au coeur d'un débat d'ampleur internationale qui durera plusieurs années.