La création de cabinets de physique et l'enrichissement des collections d'histoire naturelle dans les collèges offrent la possibilité d’enseigner les sciences de façon plus concrète. Rappelons toutefois que les instruments et les modèles sont plus souvent «exposés» qu'«utilisés » et qu’ils ne sont manipulés que par le professeur.
En physique, les vieux systèmes et les théories désuètes, associés à Aristote, sont progressivement délaissés après la Conquête. Dans les collèges, on enseigne Copernic et non plus le système « mixte » de Riccioli. Comme en France, on commence à privilégier les démonstrations fondées sur l'expérience, plutôt que sur des principes abstraits.
Au début du XIXe siècle, on remarque l'apparition des premiers manuels de science rédigés par des Canadiens français. L'objectif des auteurs, qui sont souvent des autodidactes, est d'offrir des connaissances pratiques et adaptées à la réalité du pays.